住民基本台帳ネットワークシステムでは、個人情報の保護を最も重要な課題としています。そのため、個人情報保護に関する国際的な基準を十分踏まえた上で、制度面、技術面及び運用面などあらゆる面で以下のような十分な対策を行っています。

（1） 都道府県・指定情報処理機関で保有する情報を限定
（2） 住民票コードは、利用を限定（民間機関が使用すると罰せられます）
（3） 外部からの浸入と内部の不正利用の防止（ファイアウォール・IDSの使用、暗号化など）
（4） 総務省住民基本台帳ネットワークシステム緊急対策本部の設置
（5） 住民基本台帳ネットワークシステム調査委員会の設置
（6） 外部監査によるシステム運営調査の実施
（7） 住民基本台帳カード（ICカード）の発行　など